Ta série préférée a une histoire.
Voici son résumé... 

Franz Hopper, assembla dans une usine désaffectée, un SuperCalculateur. Ce dernier simule un monde virtuel baptisé "Lyoko". Ce projet devait servir a des fins millitaires.
Puis, des hommes en noir traquent Hopper. Ce dernier a créé XANA, qui accéda à la conscience. Il peut agir seul sans ordre, et évolue en permanence.
Les hommes en noirs débarquent dans la maison de Franz, qui s'enfuit, avec sa fille, dans le monde virtuel.
Hopper juge que XANA était devenu une menace pour l'humanité, il décide de mettre en veille le SuperCalculateur, qui sera sensé ne plus être rallumé.

Un soir, un jeune collégien en internat, cherchant des pièces pour bricoler son robot, et découvre alors le SuperCalculateur. Jérémie, décide de le rallumer, sans pour autant savoir ce qu'il allait se passer...
Il ne s'attendait pas à ce que cela ne soit qu'un simple ordinateur. Il y découvrit alors qu'un monde virtuel existait, lequel comportant 4 territoires de surface (Le 5ème sera découvert plus tard), une jeune fille nommé Maya, qui possède les clefs de Lyoko. Elle peut ainsi désactiver les tours que XANA infecte pour pouvoir lancer des attaques.

Jérémie a fait la connaissance de 4 amis. Ulrich avec son copain de chambre Odd, et Yumi, En complément de Maya, qui se nomme en fait Aelita.
Aelita connait son prénom grâce a la désactivation de la première tour que XANA a activé. 

Le SuperCalculateur, qui permet de faire plein de choses, permet aussi le lancement d'un retour dans le temps.
Ainsi, toutes les attaques de XANA sont effacées.
Les humains ne se souviennent de rien. Les Lyokoguerriers, eux, se souviennent des événements produits. Ils ne sont pas affectés par le retour vers le passé, puisqu'ils ont été sur Lyoko. Jérémie a du y aller, et a juré de ne plus y retourner  

Plein de choses sont encore bien mystérieuses...
On sait que Franz avait une femme.. Mais quel est son nom ? D'autre part, pourquoi ce projet ?
Bref, des mystères sont en partie révélés dans la saison 4.